Método, que pode ajudar no diagnóstico de doenças de base genética, sequencia apenas o exoma, a pequena parte do genoma responsável pela produção das proteínas vitais ao organismo (Nist)

Unicamp avalia viabilidade de incluir sequenciamento de DNA no SUS

21 de junho de 2013

Por Karina Toledo

Agência FAPESP – Pesquisadores da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) vão avaliar a viabilidade, por meio de uma análise detalhada de custos, de incluir no Sistema Único de Saúde (SUS) um método específico de sequenciamento de DNA para ajudar no diagnóstico de doenças genéticas.

Conhecida como sequenciamento completo do exoma, a técnica permite ter acesso à sequência da parte do genoma – cerca de 2% – que contém as informações para a produção das proteínas vitais para o funcionamento do organismo. Além de mais rápida, é bem mais barata que o sequenciamento tradicional.

“Aqui na Unicamp, atualmente, conseguimos fazer o sequenciamento do exoma humano completo por cerca de R$ 1.700. Já o sequenciamento completo do genoma sairia em torno de R$ 30 mil”, contou Iscia Lopes-Cendes, chefe do Departamento de Genética Médica e coordenadora do Laboratório de Genética Molecular da Faculdade de Ciências Médicas (FCM) da Unicamp.

Segundo a pesquisadora, a maioria das mutações causadoras de doenças está localizada nos éxons, as partes dos genes responsáveis por codificar os aminoácidos. Os éxons são separados por seções de DNA conhecidas como íntrons – antigamente considerados como DNA-lixo – que são muito maiores.

“Hoje já se sabe que a sequência de DNA contida nos íntrons tem sim função, principalmente regulatória, e também pode sofrer mutações. Porém, as mutações nessas regiões são mais raras. Corremos o risco de perder alguma informação ao sequenciar apenas o exoma, mas a relação custo-benefício, no momento, é muito vantajosa. Pode ser que isso mude quando cair o custo do sequenciamento completo do genoma humano”, disse Lopes-Cendes.

No âmbito da pesquisa acadêmica, o sequenciamento do exoma já se consagrou como uma ferramenta importante e ajudou a identificar mutações causadoras de diversas doenças, como malformações cerebrais e distúrbios metabólicos. Lopes-Cendes, por exemplo, tem aplicado o método para procurar genes que podem estar relacionados a formas hereditárias de epilepsia e malformações do córtex cerebral.

“Mas, neste novo projeto, a ideia não é procurar novas mutações e sim usar os dados já existentes na literatura científica para fazer o diagnóstico de doenças em que há forte suspeita de uma alteração genética”, explicou.

A avaliação será feita inicialmente em três grupos de pacientes: aqueles com doenças neurológicas, entre elas formas de deficiência mental sem causa conhecida, epilepsia e Parkinson de início precoce e com recorrência familiar; pacientes com síndromes complexas que também apresentam sintomas neurológicos; e pacientes com quadros graves de doença cardíaca ou hipertensão e que não reagem ao tratamento usual.

“O sequenciamento do exoma também é bem indicado para doenças com sintomatologia complexa, em que não se tem ideia muito clara de onde poderiam estar localizadas as mutações causadoras e, por isso, seria necessário testar inúmeros genes”, explicou Lopes-Cendes.

Para alguns desses pacientes, o diagnóstico precoce permitirá adequar o tratamento e torná-lo mais eficiente. Já no caso de enfermidades para as quais não há terapia específica disponível, afirmou a pesquisadora, o sequenciamento do exoma poderá contribuir reduzindo o gasto com exames desnecessários e diminuindo a ansiedade dos doentes e suas famílias.

“Esses pacientes, muitas vezes, ficam durante anos rodando por diversos centros de saúde, consultando especialistas e sendo submetidos a exames caros. Isso sobrecarrega o SUS e causa grande frustração nas famílias. Então, mesmo que não tenha impacto no tratamento, o diagnóstico precoce é importante e economiza recursos públicos. É justamente isso que queremos analisar objetivamente por meio de metodologia apropriada para a avaliação de custo-efetividade de novas tecnologias que podem ser incorporadas ao SUS”, afirmou Lopes-Cendes.

Atualmente, no Brasil, esse tipo de teste para diagnóstico é oferecido apenas por serviços privados, o que limita o acesso dos pacientes. “Não conheço nenhum sistema público de saúde do mundo que tenha realizado um estudo de custo-efetividade para avaliar esse novo método de diagnóstico. Isso nos motivou a realizar a análise de forma sistematizada”, contou a pesquisadora.

Parte do estudo, previsto para durar quatro anos, será realizado no âmbito do Instituto Brasileiro de Neurociências e Neurotecnologia, um dos novos Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID) apoiados pela FAPESP e coordenado por Fernando Cendes.

“Ainda estamos trabalhando no desenvolvimento de toda a parte de bioinformática do projeto, ou seja, o algoritmo necessário para interpretar os dados obtidos no sequenciamento para uso clínico. Temos alguma experiência no uso desses algoritmos na pesquisa, mas precisamos de um método amigável, com o máximo de informação possível, para que o médico seja capaz de interpretar os resultados”, contou a pesquisadora.

Epilepsia hereditária

Também no âmbito do novo CEPID, Lopes-Cendes continuará a busca pela mutação causadora da epilepsia de lobo temporal mesial familiar. Até o momento, alguns genes candidatos foram identificados em uma única família, com auxílio da FAPESP por meio de um Projeto Temático e de um Apoio a Jovens Pesquisadores.

“Agora, com o financiamento do CEPID, pretendemos avaliar outras 35 famílias de pacientes com a doença. Se não encontrarmos as mutações nesses genes candidatos, podemos fazer o sequenciamento do exoma para buscar outras variantes genéticas”, explicou Lopes-Cendes.

Além disso, o grupo também pretende fazer a análise funcional dos genes encontrados até o momento em um modelo animal, em parceria com o laboratório coordenado por Claudia Maurer-Morelli na FCM-Unicamp. “Vamos silenciar esses genes no zebrafish (peixe paulistinha) para ver se isso produz o fenótipo da doença”, contou a pesquisadora.

Os resultados preliminares da investigação foram apresentados no workshop “Advanced Topics in Genomics and Cell Biology”, organizado em maio pelo Laboratório Central de Tecnologias de Alto Desempenho (LaCTAD) e pelo Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG), com apoio da FAPESP.