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Jornal da Unicamp - Março/Abril de 2000

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ENTREVISTA
A chave certa

O Laboratório de Bioinformática exerceu papel decisivo no seqüenciamento da bactéria Xylella fastidiosa. Um feito, especialmente quando se constata que, há menos de três anos, o que havia na Unicamp eram dois determinados professores – João Setúbal e João Meidanis – que estudavam o tema a partir de problemas teóricos. Em 94, Setúbal e Meidanis lançaram em parceria o primeiro livro no Brasil dedicado ao tema. Alguns anos mais tarde, em 97, uma editora internacional interessou-se pelo trabalho e o livro "Introduction to Computacional Molecular Biology" (Uma Introdução à Biologia Computacional) é hoje leitura obrigatória para quem se interessa por bioinformática. Embora com pouca experiência prática, ambos estavam certos de que a área iria "explodir" no Brasil em pouco tempo. O que talvez eles não imaginassem é que estariam no centro do processo quando isso acontecesse.

Jornal da Unicamp – Antes do projeto Genoma- Xylella, vocês chegaram a imaginar que essa área iria se mostrar tão promissora e tão vital para a genômica no Brasil?

João Meidanis – Nós tínhamos certeza de que a bioinformática era algo que iria estourar, e o livro elaborado por mim e pelo professor Setúbal foi uma grande preparação para o momento em que isso ocorresse. Meu primeiro contato com a área aconteceu em 1990, quando estava nos Estados Unidos fazendo doutorado. Quando voltei, em 92, encontrei o professor Setúbal também interessado pelo assunto e começamos a trabalhar juntos. Ambos sabíamos que era apenas uma questão de tempo até que a bioinformática chegasse ao país. Só não sabíamos quando, nem tampouco tínhamos idéia de como isso iria acontecer.

Jornal da Unicamp – E, quando vocês se integraram de fato ao projeto, tudo caminhou como vocês imaginavam ou surgiram dificuldades?

João Setúbal - O início, entre janeiro e junho de 98, foi o momento mais difícil, pois ninguém tinha experiência com seqüenciamento em larga escala. Houve, portanto, muito trabalho nessa fase que funcionou na base de "tentativa e erro", com muito mais erros do que acertos. Para a bioinformática, o mais difícil foi realizar a implantação das ferramentas necessárias para recebimento, armazenamento e processamento das seqüências ao mesmo tempo em que elas iam sendo geradas e enviadas pelos laboratórios. Foi mais ou menos como sair dirigindo um carro ao mesmo tempo em que ocorria a colocação da carroceria, dos bancos e até do motor.

Jornal da Unicamp –Houve algo inusitado no decorrer do projeto?

João Meidanis – Houve algo engraçado. Foi o seguinte: os genes de seres vivos costumam ganhar um nome composto de três letras minúsculas e uma quarta letra maiúscula porque essa última, geralmente, indica alguma coisa de ordem. Por exemplo, há os genes recA, recB, recC. Aí, uma pessoa mandou uma mensagem na rede dizendo que havia encontrado muitas ocorrências no genoma da Xylella de um tal gene nonE. E a pessoa que enviou a mensagem estava achando estranho que ninguém conhecesse o tal gene nonE. Na verdade, ninguém conhecia porque simplesmente o gene não existia. O problema era que, quando determinado gene não tinha nome, aparecia a palavra none (ou nenhum, em inglês). Só que o programa estava preparado para colocar a última letra sempre maiúscula e, por isso, ela pensou tratar-se do nome de um gene.

Jornal da Unicamp – Como está hoje o trabalho no LBI? Na conclusão do projeto Xylella, houve uma pausa ou os profissionais continuam em ritmo intenso por conta dos dois outros projetos da Fapesp?

João Setúbal - Não houve pausa. Hoje trabalhamos mais intensamente do que no início do projeto Xylella. Mesmo após o anúncio da finalização do projeto Xylella, ainda estamos tendo muito trabalho com ele, dando os retoques finais na anotação da seqüência e ajudando a escrever o artigo descritivo dos resultados. A isso se soma o trabalho nos projetos Xanthomonas e Cana-de-Açúcar.

Jornal da Unicamp – Vocês continuam sozinhos no desenvolvimento dos trabalhos de bioinformática?

João Setúbal - Não. No projeto Xanthomonas, o trabalho de bioinformática foi dividido. A parte de recebimento, armazenamento e processamento básico das seqüências foi assumida por um grupo de bioinformática criado no laboratório do professor Fernando Reinach, no departamento de bioquímica da USP, especificamente para isso. Esse grupo utiliza as ferramentas criadas pelo LBI no projeto Xylella. E isso está possibilitando ao nosso laboratório a criação de ferramentas novas mais sofisticadas sem ter que nos preocuparmos com a parte de "rotina" do projeto. Um outro grupo de bioinformática foi criado no laboratório do professor Jesus Ferro, na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias da Unesp de Jaboticabal, e deverá também contribuir para aliviar a carga do LBI, ao mesmo tempo em que cria mais um foco de disseminação da tecnologia de bioinformática no Estado.

Jornal da Unicamp – Na sua opinião, quais as perspectivas que se abrem à pesquisa brasileira, em termos de biologia molecular, com o fim do seqüenciamento?

João Setúbal - Basicamente, acho que o projeto Xylella e a rede montada para executá-lo criaram as condições para que no Brasil se faça pesquisa em genômica de mesmo nível que nos grandes centros de genômica do Primeiro Mundo. Isso, por sua vez, significa que temos um vastíssimo campo de pesquisas aberto à nossa frente, e o difícil será escolher os melhores caminhos a seguir. Há, entretanto, um problema importante a ser resolvido: embora nossa capacidade de seqüenciamento seja comparável à de grandes centros do Primeiro Mundo, nossa capacidade de análise das seqüências geradas está muito limitada. E isso se deve basicamente à escassez de profissionais em bioinformática. Há um consenso entre os cientistas da genômica de que a chave para uma análise cientificamente produtiva das seqüências está com a bioinformatica. No Brasil temos pouquíssimos profissionais competentes nessa área. Se não houver um esforço de formar mais profissionais desse tipo, correremos o risco de gerar muitas seqüências e não ter como fazer ciência com elas.

Jornal da Unicamp – Então, seria a bioinformática a carreira do futuro?

João Meidanis - Sem dúvida. É a carreira do futuro.

Os especialistas internacionais se pronunciaram afirmando que o sucesso do trabalho se deveu também "ao excepcional alto nível de competência profissional dos dois coordenadores de bioinformática, combinado com a disposição de ajudar a resolver os problemas".

Jornal da Unicamp – Enquanto pesquisadores, como vocês se sentem ao ler esse tipo de comentário?

João Setúbal - Eu vejo isso como um reconhecimento do nosso trabalho extremamente importante, por duas razões. A primeira é que os especialistas internacionais são pessoas muito destacadas no cenário da genômica mundial, e um elogio vindo deles significa muito. A segunda razão é que grande parte do trabalho que fizemos foge dos padrões tradicionalmente
valorizados em nosso meio acadêmico. Então, havia um risco não desprezível de que, mesmo tendo se esforçado intensamente para que o projeto desse certo, no final, nosso trabalho específico de bioinformática fosse visto apenas como um trabalho de suporte sem maior importância acadêmica ou científica. (M.T.S.)