A customização afeta o modo de apresentação e, principalmente, o aspecto visual do website de divulgação. Esta tarefa é feita acessando-se o item "customizar" da navegação principal do website da ferramenta e-Science (endereço de acesso do website da ferramenta foi definido no processo de instalação acima).
A maioria dos passos nesta fase de customização, necessariamente devem ser feitas antes que se disponibilize a URL do website de divulgação para acesso público. São elas:
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documentar dados importantes das páginas HTML que serão utilizados pelos mecanismos de busca na Internet;
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definir texto de apresentação da página e parâmetros para o formulário "fale conosco";
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definir tipografia e identidade visual das páginas HTML;
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definir textos, notas e imagens que serão exibidas na página principal do website de divulgação;
- definir parâmetros para os cabeçalhos e rodapés das páginas HTML;
O passo "definir editores de conteúdo" poderá ser feito num segundo momento assim que existir a definição de quais serão os responsáveis pelo gerenciamento dos conteúdos de projetos no website de divulgação.