Outro problema: Contaminação
A produção de álcool de cana-de-açúcar gera 14 litros de vinhoto por litro de etanol. Grande parte desse volume hoje é reciclado mas no passado causou graves desastres nos rios. Perde-se 50% dos insumos nos lençóis freáticos.
A suinocultura do Oeste de Santa Catarina (6 milhões de suínos) despeja diariamente 8,8 milhões de metros cúbicos de esterco líquido nos córregos e rios da região, volume equivalente aos dejetos de uma metrópole de 30 milhões de habitantes, sendo que a população local é de apenas 1 milhão de pessoas.