Outro desafio para o novo presidente do CNPq será encontrar resposta para uma pergunta que se tornou freqüente entre os pesquisadores das instituições paulistas: por que o volume de investimentos em bolsas e no fomento à pesquisa caiu tanto nos últimos anos no estado de São Paulo? A participação do estado no volume de verbas despencou de 39,21% em 1995 para 29,92% em 2000. Enquanto isso, no mesmo período, quase todos os outros estados registraram aumento no volume de dinheiro recebido.
No caso da Unicamp, essa queda foi de R$ 35 milhões em 1995 para R$ 21milhões em 2000. USP e Unesp também amargaram reduções. Na USP, os recursos baixaram de R$ 80 milhões em 1995 para R$ 50 milhões em 2000. Na Unesp, a verba diminuiu de R$ 20 milhões para R$ 15 milhões. Os dados constam da resenha estatística do próprio CNPq e referem-se tanto às bolsas de mestrado como doutorado.
Ao ser informado sobre esse quadro Erney foi cauteloso na resposta. "Preciso primeiro tomar pé da situação para saber o que está acontecendo", disse. Ele antecipou, porém, que não haverá, em sua gestão, tratamento diferenciado para nenhuma região do país. "O tratamento será justo e correto para todos", afirmou.
Apesar da cautela, Erney disse que estará muito próximo à Fapesp, principal agência de fomento à pesquisa do estado de São Paulo, considerada um modelo de gestão. "Nos damos muito bem e vamos fazer uma política conjunta". O presidente do CNPq disse que já conversou com o diretor científico da Fapesp, Luis Fernando Perez, para um trabalho em parceria. "Temos interesse em harmonizar as políticas".